Даже не пытался ничего придумывать, просто поделился свим мнением.
Я и не писал что что то сделаю конкретно в этом случае - поосто если проанализировать, сделать вывод - и дело окажется в HDD, то возможно это кому то поможет, ну как минимум Вам. А вот есть вопрос, пробовали снимать жесткий диск и проверить его на специальном ПО, например MHDD или Victoria, или хотя бы изучить его SMART? Вполне возможно будет не так все ровно, т.к. жесткие диски в регистраторах работают в так скажем "сложных" условиях, однако сами диски часто ставят не "крутые" как для серверов, а самые обычные - недорогие.